Les défis philologiques de l’édition électronique de textes latins et allemands des premiers temps de l’humanisme se concentrent autour des questions orthographiques et typographiques, notamment au travers de la résolution des abréviations ou des variations de semi-consonnes. Les évolutions, tant phonétiques que scripturales des langues, placent les chercheurs contemporains devant la difficulté de rendre compte de la teneur réelle du texte-source. Le choix d'une normalisation systématique apporte un confort de lecture et s'avère indispensable à l’interopérabilité ainsi qu'à l'exploitation informatique des données (détection de citations, création de réseaux sémantiques etc.). Cependant, une telle normalisation entraîne presque nécessairement une perte d'information et implique – notamment lors de l'adoption de conventions classiques pour les textes néolatins – une historicisation qui mérite discussion. À l'inverse, si la prise en compte des particularités linguistiques apporte des informations souvent précieuses sur la source, elle en restreint l'accès, les possibilités d'exploitation et la portée, en renvoyant alors en priorité aux différents créateurs : auteurs, imprimeurs etc.
Un défi supplémentaire consiste à établir une méthodologie cohérente dans un corpus où se côtoient, parfois dans le même ouvrage, la langue latine, allemande et grecque, dont l'histoire des conventions orthographiques, phonétiques et typographiques est fondamentalement différente. Enfin, le choix d’une politique d’édition électronique claire doit prendre en compte les possibilités offertes par l’interface numérique qui permet plusieurs strates de normalisation.